按细胞学分类：鼻咽癌绝大多数起源于被覆上皮，少数源于腺体上皮。鼻咽部的癌组织类型一般以鳞状上皮癌最为多见，约占95%以上，按分化程度分为高、中和低，低分化差的占85％以上。未分化是指分化程度极低的癌，常需与恶性淋巴瘤鉴别。
尚有少数是腺癌、囊腺癌、粘液表皮样癌或恶性混合瘤（如恶性淋巴瘤、恶性肉芽肿、黑色素瘤、胚胎性横纹肌肉瘤，脊索瘤等。）等。
按肿瘤表面形态分型：
①结节肿块型，肿瘤呈结节状或肿块状，是最常见的类型。
②菜花型，肿瘤呈菜花状，血管丰富而易出血。
③溃疡型，肿瘤边缘隆起、中央常坏死、
④粘膜下浸润型，肿瘤向腔内突起，但表面有正常的粘膜组织覆盖。
按生长特点可分为：
①上行型——肿瘤主要向上发展，侵犯颅底、脑神经、甚至颅内；
②下行型——肿瘤主要向下侵犯（如口咽、颈淋巴结等）；③混合型——既向上又向下侵犯。
世界卫生组织（WHO）将鼻咽癌的病理形态学分为：
①WHO Ⅰ型，分化好和中等分化的角化性鳞状细胞癌；
②WHOⅡ型，分化差的癌；
③WHO Ⅲ型，未分化癌或淋巴上皮癌。
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